Även Staromestské nám andra kyrka, St. Nikolas, är iögonenfallande med sin vita kropp och två spetsiga torn. Den ursprungliga kyrkan på platsen grundades på 1200-talet av tyska köpmän. Kyrkan utvidgades på 1300-talet och tjänade som Gamla stans församlingskyrka till dess Týnkyrkan var färdig. I början av 1600-talet tillhörde kyrkan benediktinerorden som även uppförde ett kloster på platsen. År 1732 revs denna kyrka och den nuvarande uppfördes i barock och stod klar 1735. Ovanför porten på södra sidan finns flera statyer bl. a av St. Nikolaus.

Kyrkan ger ett ljust intryck och dess inre är rikt dekorerat och smyckat med målningar och statyer. En enorm ljuskrona i kristall från Harrachov (sent 1800-tal) hänger ner från kupolen. Runt domen är helgonstatyer placerade och nedanför dem är de fyra evangelisterna avbildade. Sedan 1920 tillhör kyrkan den husitiska församlingen.

Där benediktinerordern tidigare hade lokaler för prästerna (det rosa huset till vänster om kyrkan med adress U Radnice 5) står idag ett bostadshus i nybarock från 1902. Det märkvärdiga med fastigheten är att här föddes författaren Franz Kafka (se nästa sida) den 3 juli 1883. En relief sitter på hörnet ut mot gatan.