forts. Lillsidans torg
Malostranské námesti

Under början av renässansen blomstrade Lillsidan som aldrig tidigare. Men den 2 juli 1541 började det brinna i huset "Na Bašte" vid torget och elden spred sig snabbt med vinden till taken på de kringliggande husen och till Sankt Thomas klostret. På tre timmar brann två tredjedelar av Lillsidans hus ner. Husen på Nerudovagatan, nedanför borgen, på Hradcany och även inne på borgområdet förstördes i stor utsträckning. Av Lillsidans 211 hus brann 133 ner.

Denna brand blev avgörande för hur byggandet på Lillsidan kom att fortsättas. Istället för ofta komplicerade ombyggnader började man på många platser att bygga helt nytt. Många av Lillsidans borgare hade ruinerats av branden och nu köptes deras markområden upp av aristokrater med pengar. Så där det tidigare legat borgerliga hus växte nu storslagna renässanspalats med enorma trädgårdar upp.

Renässansstilen hade hittills bara långsamt gjort sig gällande i Prag, men nu slog den igenom på Lillsidan, när brandområdena bebyggdes med stora renässans- komplex.

Borgarna på Lillsidan fick allt mindre makt inom stadens styrelse och förvaltning. Att aristokratin tog över marken och bebyggde den var en orsak härtill. En annan orsak var nederlaget i upproret mot Ferdinand I 1547, som krossade borgarnas sociala ställning. Adeln hade dessutom en gammal rättighet att genom ett speciellt registrerings förfarande undanta sin egendom från stadens juridiska styre och på så sätt ytterligare försvaga stadens styrelse. Denna lag om stadfästande av förmögenheter härstammade från mitten av 1200-talet och kallades Zemské desky (ung. landstavla) och innebar att adeln inregistrerade sin egendom som frälsegods.

Byggnadsverksamheten medförde också förändringar i befolkningens sammansättning. Från alla håll i Böhmen kom byggnadsarbetare, men även antalet byggmästare, murare, stuckatörer, skulptörer, målare och andra hantverkare strömmade till Prag. Många kom från tyskspråkiga länder, men ett stort antal kom från den appeninska halvön. På så sätt uppstod en stor italiensk koloni på Lillsidan, som så småningom skapade både egen församling, kapell, sjukhus och kyrkogård.

Ännu större uppsving för byggverksamheten och samtidigt ökande invandring blev det i slutet av 1500talet när kejsar Rudolf II gjorde Prag till sin kejserliga huvudstad. Under denna tid byggdes det framförallt mellan bron och gatorna U Luzického semináre och Míšenská ulice. Sankt Thomaskyrkan, som skadats i båda bränderna 1503 och 1541 blev renoverad i renässansstil. Renässanshus uppstod på gatorna Tomášská, Valdštejnská och Letenská bl.a. Faktum är att de flesta av Lillsidans hus berördes av någon form av renässans ombyggnad.

Handel och hantverk blommade upp på nytt. Adelns intresse för palats byggen fortsatte att öka, som man kan utläsa bl. a. av ett vackert palats nedanför borgen, Hradec familjens hus, vars gavel än idag är värd att beundra. Det stora dominerande huset med förgyllda spiror i hörnet med Snemovni - gatan är Smirický - palatset (nr 18) och det har bildats genom att flera byggnader slagits samman. Familjen Smirický var en inflytelserik och mycket förmögen familj, som byggde sitt palats vid Lillsidans torg. In i detta palats bjöd greve Smirický den 1 maj 1618 in ledarna för oppositionen mot Habsburg och man utarbetade den handlingsplan som senare resulterade i den andra defenestrationen (utkastandet av kejsarens män genom ett fönster på borgen) som ägde rum på slottet, den händelse som utlöste trettioåriga kriget. Sitt nuvarande utseende fick fastigheten under 1760-talet då man byggde till en våning.

Kyrkobyggandet avstannade under slutet av 1500-talet och början av 1600-talet i hela Prag liksom i resten av riket. Nybyggandet hängde samman med de religiösa förändringarna hos stadsbefolkningen. De tyska lutheranerna på Lillsidan byggde år 1611 en egen kyrka på Karmelitská gatan och likadant gjorde deras trosfränder i Gamla stan, där de byggde upp Salvatorkyrkan. När rekatoliseringen började fick karmeliterorden kyrkan på Karmelitská (1624). Från början var kyrkan vänd så att altaret, traditionsenligt, låg åt öster, men under 1630-talet blev kyrkan ombyggd i barockstil och man vände på inredningen och byggde till en portal och ett torn. Denna kyrka heter Den segerrika Jungfru Maria (Panny Marie Vitezné) och är idag världsberömd för en vaxfigur föreställande Jesusbarnet. Denna votivstatyett är ett spanskt 1500-talsverk och en gåva till karmeliter systrarna från furstinnan Polyxena av Lobkowitz år 1628.

Liksom lutheranerna byggde också den italienska församlingen sin egen, men katolska, kyrka bredvid sjukhuset på Vlašská gatan, tillägnad den helige Karl Boromejský. I Gamla stan byggde den italienska församlingen Marie Himmelfartkapellet på Karlová gatan bredvid jesuiternas Clementinum. Första halvan av 1600-talet förde med sig mycket lidande och stor nöd för hela Prag, särskilt för Lillsidans och Hradcanys befolkning. Först var det legotrupper tillhörande furst Leopold, biskop av Passau, som besatte och plundrade dessa stadsdelar i februari 1611.

Hären hade tillkallats av Rudolf II. Han försökte ändra inställningen hos de upproriska böhmiska ständerna och få dem positivt inställda till sin yngre bror Matthias, som eftertraktade den böhmiska tronen.

Nästa plundring utsattes Lillsidan för efter slaget vid Vita berget, Bilá hora, 1620. Då var det framförallt adelspalatsen som plundrades av både den kejserliga armén och de protestantiska Liga trupperna, vilka trängde in i staden, sedan den flyende Fredrik av Pfalz lämnat staden åt sitt öde. Sedan följde ickekatolikernas emigration och konfiskation av deras förmögenheter och Lillsidans befolkning minskade avsevärt. En tid senare besattes staden av den lutherska kurfursten Johann Georgs sachsiska här, under kommando av Johann Georg Arnim, och detta innebar stort lidande och mycket orättvisa för hela Prag, isynnerhet Lillsidan.

Svenskarna var nästa plåga. De kom 1648 och besatte Lillsidan. Gamla stan och Nya stan (Staré Mésto, Nové Mésto) lyckades avvärja ockupation tack vare försvararnas otroliga tapperhet, men Pragborgen, Hradcany och Lillsidan blev grundligt utplundrade. Därför började man kort efter trettioåriga kriget att bygga de nya befästnings anläggningarna, skrämda av dessa grymma krigserfarenheter. Ända in på 1800-talet fortsatte byggandet på den nya försvarslinjen. Den ursprungliga medeltida befästningen ersattes av en barockanläggning, som skulle spärra vägarna in i staden.